PCT的主要目的在于，简化以前确立的在几个国家申请发明专利保护的方法，使其更为有效和经济，并有益于专利体系的用户和负有对该体系行使管理职权的专利局。
在引进PCT体系前，在几个国家保护发明的唯一方法是向每一个国家单独提交申请；这些申请由于每一个要单独处理，因此，每一个国家的申请和审查都要重复。为达到其应有的目的，PCT提出：
——建立一种国际体系，从而使以一种语言在一个专利局（受理局）提出的一件专利申请（国际申请）在申请人在其申请中（指定）的每一个PCT成员国都有效；
——可以由一个专利局，即受理局对国际申请进行形式审查；
——对国际申请进行国际检索，并出具检索报告说明相关的现有技术（与过去的发明相关的已出版的专利文献），在决定该发明是否具有专利性时可以参考该报告；该检索报告应首先送达申请人，然后公布；
——对国际申请及其相关的国际检索报告，进行统一的国际公布并将其传送给指定局。
——提供对国际申请进行国际初步审查的选择，供专利局决定是否授予专利权，并为申请人提供一份包含所要求保护的发明是否满足专利性国际标准的观点的报告。
通常称其为PCT程序的“国际阶段”，而“国家阶段”是指授予专利程序的最后部分，它是国际申请中指定的国家的国家局或代理行使国家局职能的机构，统称为指定局。关于国际申请、国际检索、国际公布是由第I章规定的；国际初审是由第II章规定的。（在PCT专业词“国家”局，“国家”阶段，或"国家"费用也指地区专利局的有关程序）。
在绝大多数国家，专利局一直在努力解决如何更好地分配资源，从而使专利体系能够在现有的人力资源内得到最大的回报。在一个经济增长和技术进步到一定程度的国家，国家局面临着专利申请的增长。在这种情况下，如果该国是PCT成员，PCT体系就可以帮它更好的处理工作量的增长，根据PCT体系，国际申请在到达国家局时，已经由受理局进行了形式审查，国际检索单位进行而且，在绝大多数情况下，国际初步审查单位进行了可能的审查。从而有利于国家专利局利用现有的资源（包括人力资源）来处理更多的专利申请，因为在国际阶段已经经过了统一的程序，从而简化了国家阶段的处理程序。
PCT的其他目的是促进并加速工业界和其他相关的部门利用与发明相关的技术信息并帮助发展中国家得到这些技术。
